Il ragazzo
Luke Ellis si risveglia all'Istituto, una struttura che ospita ragazzi rapiti dotati di poteri psichici. La signora Sigsby, la carismatica direttrice della struttura, gli dice soltanto che stanno salvando il mondo. Intanto Tim Jamieson cerca di lasciarsi alle spalle il suo passato lavorando come guardiano notturno.
Punture e puntini
Mentre inizia a pianificare la fuga, Luke stringe legami con gli altri prigionieri della Prima Casa, proprio mentre il gruppo deve dire addio a una di loro. Nel frattempo, la signora Sigsby cerca di gestire le conseguenze di una devastante falla nella sicurezza. In città, Tim comincia a indagare sull'Istituto, ma si ritrova coinvolto in uno scontro ad alta tensione da cui potrebbe non uscire vivo.
Diploma
All'Istituto, i giovani prigionieri affrontano una prova cruciale con Kalisha che sta per essere promossa. Luke e i suoi amici, aiutati dal telepata Avery, cercano disperatamente risposte sul vero scopo della struttura. Intanto Tim Jamieson sospetta di una cospirazione locale. Le tensioni aumentano e l'integrità di molti viene messa alla prova in un episodio tra realtà e paranoia.
La scatola
All'Istituto Luke cerca di nascondere i suoi nuovi poteri telepatici durante un brutale interrogatorio. Un incidente violento con Harry crea problemi alla signora Sigsby. Tim indaga sulla morte sospetta di una donna a Dennison, scoprendo collegamenti con una tragedia del passato. Man mano che Luke e i suoi amici scoprono segreti inquietanti, Tim si avvicina a svelare la natura dell'Istituto.
La seconda casa
In un episodio carico di suspense, la vera natura dell'Istituto viene finalmente alla luce, mentre Luke Ellis tenta una disperata fuga. Dopo aver svelato un'agghiacciante verità e aver scoperto segreti terribili durante la misteriosa "Notte delle stelline", Luke organizza un audace piano di fuga, contando sull'aiuto del giovane Avery e di un membro del personale schieratosi dalla sua parte.
Corri
Luke fugge attraverso i boschi mentre il capo della sicurezza dell'Istituto Stackhouse e Sigsby cercano di contenere la situazione, rivelando la loro paranoia e l'oscura natura del loro lavoro. Con i sistemi di sorveglianza in tilt, una giornalista corrotta in agguato e forze occulte pronte a insabbiare le rivelazioni di Luke, il tempo stringe. Ma il colpo di scena più grande deve ancora arrivare.
Nasconditi
Nel penultimo episodio della stagione, Luke e Tim si ritrovano in fuga, alla disperata ricerca di aiuto. Si rifugiano da una collega di Tim, ma la loro sicurezza dura poco, Sigsby riesce infatti a rintracciarli. Nel frattempo, all'Istituto, i nuovi poteri di Avery suscitano preoccupazione, mentre Kalisha e gli altri ragazzi ritrovano la speranza dopo aver appreso della fuga di Luke.
Lotta
Nel travolgente finale di stagione, Luke torna all'Istituto per aiutare gli amici ancora imprigionati, mentre Stackhouse si prepara a eliminarli. Il giovane telepate Avery Dixon scopre di poter entrare in contatto con ragazzi in altre strutture segrete nel mondo. Mentre Tim e Wendy tentano di negoziare con Stackhouse, Luke aiuta Avery a connettersi con altri ragazzi dotati in tutto il mondo.