神秘博士

2005年慈善短片：重生

接续第一季完结。新近重生的第十任博士为去巴塞罗那星球设定了TARDIS坐标，而罗斯怀疑地看着他。他高兴地检查自己的新容貌，同时问她她对他的长相有何看法.罗斯困惑又害怕，问他是谁。当他告诉她他是博士时，她开始不相信他。当罗斯对博士的回答犹豫不决时，博士重置了塔迪斯的坐标，TARDIS 将在平安夜迫降。接续2005年圣诞特辑 :圣诞入侵

2005年圣诞特辑：圣诞入侵

本集讲述新重生的博士和泰勒回到当代的伦敦渡过圣诞节。然而，外星人希克拉库斯（Sycorax）却在这时入侵地球。最终，因重生过后昏倒的博士及时醒来，击退入侵者。在英国，这集有980万人收看，并取得正面的评价。这是扮演第十任博士的大卫·田纳特首次出演整部《神秘博士》剧集。此前，他在《背水一战》的最后一幕出场。同时，这是《神秘博士》首部的圣诞特辑。自此以后，BBC One每年均会制作一部圣诞版的《神秘博士》剧集。

2005年互动特辑：Graske的进攻

2006年圣诞特辑：逃跑新娘

失去了罗斯的博士正在心灰意冷，而正在举行婚礼的多娜却被突然传送到塔迪斯里。博士带坏脾气的多娜返回地球，却被一群外星机器人追杀，塔迪斯上演了一场公路飚车。后来博士发现多娜身上带有异常含量的Huon粒子，而该粒子来源于上一代宇宙霸主。而博士的母星加利弗雷在宇宙中崛起时，已经消灭了所有的Huon粒子。最终博士揭开了一个藏于地球40亿年的秘密。

动画系列短片：无极

《神秘博士：无极》（英语：Doctor Who: The Infinite Quest）是BBC出品的电视剧《神秘博士》的衍生动画，于2007年4月2日~6月29日间放送，每集长度数分钟，总长度约46分钟。该动画对应电视剧第三季，发生于第十任博士与玛莎·琼斯旅行期间。博士与玛莎乘塔迪斯去了40世纪。他们到了星际海盗Baltazar的船上，并阻止了他攻击地球，但Baltazar最后还是逃脱了。Baltazar的机械鸟Caw找到博士和玛莎，称Baltazar手上有一个记录了传说中的“无极”（The Infinite）位置的芯片。无极能使人美梦成真，Caw将这个芯片偷走带给博士，希望他能阻止Baltazar找到无极。博士利用TARDIS定位其余的几片芯片，而Baltazar却黄雀在后……

罗丝

2005年英国伦敦，主人公罗斯·泰勒被橱窗里活过来的塑料人（Nestene）追赶，在电梯里认识了时间领主博士，并和他一起在那艘奇妙的飞船塔迪斯里开始了奇妙的旅行。

世界末日

50亿年后的太空站，主人公博士和罗斯·泰勒将看到地球的毁灭，而最后的人类卡珊德拉却计划使太空站失事以获得巨额赔偿。

借尸还魂

1860年英国伦敦，博士和罗斯·泰勒将遇到著名的现实主义小说家查尔斯·狄更斯，他们在一所老房子中，遭遇到了由Gas组成的幽灵状的外星人。

外星人在伦敦

2006年英国伦敦，博士和罗斯·泰勒回到了一年后的现代，一辆太空飞船撞毁在大本钟上，博士经探查发现，原来外星飞船是从北极起飞，目的是制造混乱绑架内阁成员，进而取而代之，而始作俑者是一群外星人。

第三次世界大战

上一集的继续，博士经调查得知，这是R星人Slttheen家族计划挑起第三次世界大战，将核毁灭后的地球作为矿石出售给外星人。最终博士遥控罗斯的男友米奇，黑掉了军方系统，并用导弹毁掉了唐宁街10号（英国内阁），毁灭了Slttheen家族。

新兴地球

50亿零23年后的新地球，新生的博士和罗斯来到了一个位于M87 银河系的新地球，在那里罗斯被人（或者说是人皮）附身。新地球原来的居民――长着猫脸的人为了治疗人类移居到这个星球时所带来的种种疾病，用自己的身体细胞培养人体，关在密室中做病毒实验。有一个传说：Boe之脸会在临死前会对一个孤单的旅行者说出他最大的秘密，博士见到Boe之脸，但后者告诉博士，下一次见面的时候就是说出秘密的时刻。

张牙舞爪

博士和罗斯阴差阳错地回到了十九世纪的苏格兰，在那里他们将遇到维多利亚女王，以及传说中在满月时出现的狼人。女王逃过一劫后决定针对超自然现象与外星人事务设立火炬木研究院 (Torchwood Institute)。

校园重聚

2006年英国伦敦，博士和罗斯以及米奇·史密斯(Mickey Smith)来到了某学校，博士发现，这里的学生拥有超时代的知识（如何超越光速等），而大部分学生被一群大蝙蝠变化成的老师（克里烃人）控制着，在用电脑破解创世密码，想要控制整个宇宙。（博士的旧伙伴莎拉和King Dog出现）

壁炉女孩

18世纪的法国，凡尔赛宫遭受到时钟杀手的攻击。路易十五的情妇，蓬皮杜夫人，呼唤她梦中的神秘男子—博士 。

赛博崛起

2006年英国伦敦，博士、罗斯和米奇意外来到平行世界的21世纪，在那里他们发现这是一个从未见过的21世纪，罗斯发现她的父亲皮特·泰勒还活着，并且帮助约翰·鲁米克制造了一个人类升级工厂，开始人类佩戴工厂制造的耳机下载任何资料。可是鲁米克却要将人类改造成人造人。但是，改造后的人类，却变成了一个新的种族——赛博人(Cybermen)。

史密斯和琼斯

玛莎 Jones所在的医院内有外星逃犯藏身，整座医院被宇宙警察送到月球，逃犯用一种特殊的方式暂时隐藏了自己的种族，而非人类的博士却被警察追赶。氧气就快要用完了，博士用牺牲自己的方式迫使逃犯中计，及时令医院回到地球。

莎士比亚密码

博士带着玛莎来到1599年观赏莎士比亚的舞台剧，却意外听见莎士比亚在演出完毕后宣布明日将演出新戏"爱的胜利"，使博士面露疑色，因为这出戏并不存在于后代的纪录中，只单单保留了剧名，因此决定留下一探究竟。当博士携同玛莎前往拜会莎士比亚时，正好遇见舞台总监放话要封杀莎士比亚明晚的演出，在玛莎以为"爱的胜利"即因此消失时，博士却不以为然。 没多久，舞台总监便遇上一名前来挑逗诱惑的侍女，被她伺机拔下几根头发，然后这侍女以巫术把系有头发的稻草人淹入水里，使舞台总监在平地上被淹死。身为实习医生的玛莎听见舞台总监的叫唤后，赶紧跟博士出外查探，意外发现舞台总监死于溺水。为防众人以为巫术作祟，博士顺口掰了体液流失的理由搪塞，但在玛莎的追问下，坦言舞台总监确实死于巫术。 原来形似女巫的三名凯力奥人正暗中利用莎士比亚，写出她们希望的文字，好释放其他被禁锢的同伴，并在旅店老板娘发现她们行踪时再度用巫术杀死老板娘。女巫骑着扫把飞扬天空的背影，让莎士比亚想起建造的环球剧场的朋友彼得也曾谈论过有关女巫的事，因此在博士的请托下，于隔日带他跟玛莎前往精神病院探视已经发疯的彼得。 当博士用简易的催眠术让彼得说出女巫控制他建造14边形的环球剧场后，一名发现博士调查行动的凯力奥人现身于精神病院杀死了彼得，当她要对博士施予毒手时，博士已经认出她们来历，反而喊出她们的名字，借由“点名”的魔力逼走凯力奥人。博士透过莎士比亚所言的剧本内容跟环球剧场的形状，推断出凯力奥人的图谋，因此和莎士比亚、玛莎分头前进，阻止"爱的胜利"上演。 但莎士比亚先被凯力奥人弄晕，而博士和玛莎也遭受狙击，所幸玛莎因为是时空穿越者巫术无法将她杀死，而博士的心跳虽然也被凯力奥人用巫术停止，但拥有两个心脏的博士在玛莎的帮助下很快恢复过来，飞奔至环球剧场。但博士和玛莎受这一阻，赶到时"爱的胜利"已经演到最终幕，大量的凯力奥人获得释放在空中飞舞。 面对这等危险，博士推断出既然凯力奥人是利用莎士比亚将同伴放出，反过来莎士比亚同样拥有再度风印她们的能力，因此让莎士比亚即兴创作一段文字，而在莎士比亚词穷之际，玛莎也急中生智补上哈利波特里的缴械咒---去去，武器走，这才成功封印了凯力奥人。

交通拥堵

博士和玛莎来到五十亿零五十三年后的新地球的第十五纽约，却只看到地下城的贫民窟和一望无际停滞的车流，玛莎被其中一辆车劫走，博士为救玛莎也搭上了某辆车。Boe之脸为了拯救城市，将自己最后的生命转化为能量，临终前Boe之脸告诉博士他最大的秘密——You Are Not Alone（你并不孤单）。【Boe之脸第三次出现并死亡】

戴立克在曼哈顿

博士和玛莎回到了大萧条时期的美国，看到了帝国大厦正在建筑中，旁边的公园则住满了失业的人群，有人说公园里的人不断减少，每天都有人失踪。博士决定一探究竟，没想到又是戴立克的一个阴谋。

戴立克的进化

戴立克成功的与人类融合，而且还拥有了人类的感情，博士就想和人型戴立克合作，改造戴立克一族。但是其他戴立克却杀死了人型戴立克。最后博士和玛莎以及一名英勇的美国人合力瓦解了戴立克的阴谋。

活宝搭档

博士在伦敦发现艾迪派斯公司新产品药物有问题，人类服用后会悄悄的产生土豆状生物，并在夜里1点10分逃走回到保姆身边，于是博士潜入公司决定探查究竟，在探查时遇到了多娜原来Adiposian人丢失了他们的繁育星球，于是跑到地球利用人类做代孕母繁殖宝宝。最后保姆在高空中被抛弃，脂肪球回到了父母身边，博士邀请多娜一同旅行。【Rose从平行宇宙回归】

庞贝烈焰

博士和多娜来到了古罗马的庞贝古城，在庞贝被火山毁灭的前一天。在这里，博士发现预言家拥有精确无比的预言能力，但他们并没有预言到第二天火山的爆发。一种名为Pyrovile靠吸收火山热量生存的外星人控制了预言家和圣女会，企图将庞贝人变成Pyrovile并占领地球。

Ood之星

博士带着多娜来到了Ood的繁育星球，在这里多娜对Ood作为人类仆人这一点产生了怀疑，而一向温顺的Ood在这里表现为疯狂，嗜杀。在博士和多娜帮助下，解放了Ood主脑，而Ood的长老们却预言了博士的“歌声将要结束”。

桑塔人的阴谋（1）

球出现一种名为atmos的汽车废气处理系统，可实现污染零排放，并100%无碳，这一古怪科技引起了unit部队的注意， 他们让玛莎通知博士前来调查。博士调查中发现了桑塔人，原来桑塔人控制了地球上的天才少年，利用atoms将地球上4亿辆汽车改装成他们的武器。好战的桑塔人视博士为敌人，就在这时桑塔人克隆了玛莎。【桑塔人和UNIT回归】

灰色天空（2）

桑塔人激活了atmos装置释放出了气体，使全球扩散了毒气。危及关头博士救下了玛莎，玛莎利用自己的记忆感动克隆人说出了桑塔人的目的，原来他们是要改造地球成为桑塔人的繁育基地。

危急时刻

塔迪斯降落在地球上的一个叫 Leadworth 的小村落，刚重生完的搏士在此与童年艾米·庞德相遇，并与一只眼球状的怪物Atraxi交涉。艾米请求他调查一个在她墙上不寻常的裂纹。博士无意中迟到了十二年。

神兽在下

29世纪的地球，太阳耀斑炙烤着地球，人类无法生存，于是制造了星舰漂浮在宇宙中，英格兰的星舰却是在通过刺激宇宙中最后一只星鲸的大脑在飞行。最后艾米发现人类不必那样做，它是听到了孩子的召唤自愿为人类服务的。

戴立克的胜利

第二次世界大战期间，残余的戴立克利用博士无意中说出的证词激活元祖仪产生了新一代戴立克，他们一共有五个，每个都有不同的颜色。

天使时代（1）

51世纪，River,博士和艾米发现了最后一尊哭泣的天使，就在要毁灭他时，发现他藏在了一堆雕像中。

肉与石（2）

接上集，在搜寻雕像时，博士发现原来雕像不只一个，只是他们很久没有进食快要死了，所以其中一个雕像才会去制造意外，让其他雕像苏醒。而这时时间裂缝也打开了，而裂缝产生的时间却是艾米结婚的那天。博士最后打算带上罗利同行。

不可思议的宇航员（1）

艾米,罗利,River Song 三人被博士邀请去犹他州，但竟然目睹了他的死亡。更令三人意外的是，博士还邀请了一个人，这个人正是他自己。

登月之日（2）

对自己的死亡不知情的博士与艾米一行人来到1969登月时代，遇到了一种看过即忘的恐怖生物。并从他们口中知道：寂静即将降临。

墨斑婉咒

博士和艾米,罗利来到被困在大海中的一艘海盗船，船员只要出现一点伤痕就会被美丽的女海怪带走，博士经过调查发现，原来这个女海怪是意外与海盗船链接的未来某艘星际飞船的医务员。

博士的妻子

博士收到另一个时间领主的讯号，惊喜之下来到宇宙尽头，谁知是个陷阱，这个尽头已经生成自己的意识，并且专门以塔迪斯为食，博士还遇到一个奇怪的女人，并且宣称博士曾称她为性感女神。原来她就是塔迪斯。

反叛之躯（1）

塔迪斯在一波强烈的太阳海啸中被迫着陆在一座孤岛，遇到了在此工作的22世纪的人类。他们往大陆输送酸液，而且这种酸液还能形成分身，靠人类的意识控制，但在第二波太阳海啸后，分身形成了与本体一样的记忆和意识。甚至还出现了另一个博士。