新生
死神琉克搞丢了他的“死亡笔记本”，被人间界的一个高中生夜神月捡到。夜神月原本不相信这本死亡笔记本，但是看了使用说明后不禁想尝试一下，于是照着说明，将对方的名字写在死亡笔记本上，结果对方真的死了。夜神月十分惊愕，因为自己顿时成了杀人犯，承受着精神上的折磨。接着，死神琉克出现在夜神月的房里…
对决
夜神月知道死亡笔记本的威力后，开始大量的使用死亡笔记本杀人，但是他杀的大多是作奸犯科的罪犯，而这些罪犯都突然死于心脏麻痹。由于人数太多，死因太过巧合，引起ICPO国际刑警组织的关注，甚至找来神秘的破案顶尖高手「L」来参与侦办。于是夜神月和L透过电视现场转播展开一场大对决，究竟谁胜谁负呢？
交易
夜神月杀掉出现在电视里的假L之后，L因此推论基拉是和日本警方内部有所关连的人，于是请来美国FBI协助秘密调查。但不久，跟踪夜神月的探员就被死神琉克发现了。但因为夜神月不知道他的名字，无法对他下手。此时琉克告诉夜神月，如果他肯用剩余寿命的一半交换，琉克就能给他死神之眼看到对方的姓名。夜神月会答应这个交易吗？
追踪
月利用死亡笔记本能控制死前行为的功能，开始动手计划对付跟踪他的FBI探员…
策略
月用计得知其他FBI探员的名字后便大开杀戒，而此时警视厅也弥漫着对L的不信任感…
破绽
FBI探员们的死亡让调查进陷入胶着。此时，却出现一位自称获有基拉重要线索的女子…
阴天
虽然在笔记本上写下了那名女子的姓名，但她却没死。月发觉对方使用假名后，处心积虑的要问出她的真名。
视线
月发觉自己的房间受到监视了。为了洗刷自己的嫌疑，他利用摄影机的死角制裁罪犯。
智慧
月和L同时以新生代表进入大学，在观众席上，L对月说：我就是L.....
疑惑
怀疑月是基拉的L，为了分析月的个性而邀他打一场网球赛。此时，樱花电视台却收到了署名为基拉的人寄来的录影带…
闯入
录影带中预告的罪犯及不认同基拉的媒体工作者都死了。宇生田急忙赶去阻止电视台继续播放，而夜神局长会！？
爱意
L认为有第二位基拉却故意不告诉月，让他观看录影带以便试探他的反应。而此时，拥有死神之眼的第二基拉海砂则是…
表白
月为了跟第二基拉接触而到了青山。没想到却被拥有死神之眼的海砂认出来了。
朋友
海砂表明身份后，月决定利用她来查出L的名字。而看完新寄来的录影带后，L推论基拉和第二基拉已经接触了。
赌注
L表示，如果自己在近期内死亡的话，月就是基拉。而正当他回学校找月时，碰巧遇见了在附近出外景的海砂…
抉择
海砂放弃了死亡笔记本的所有权，而月和琉克也作了某项协议。之后，月独自到搜查总部，并表示自己可能就是基拉…
执行
即使基拉又再度复出制裁罪犯，L也仍旧不愿释放月和海砂。L到底对夜神总一郎提出什么样的释放条件呢？
同伴
加入搜查总部的月开始怀疑因基拉事件而快速成长的公司-四叶集团。不料，却在此时受到了来自警方高层的施压…
松田
松田擅自潜入四叶集团总公司，果然被四叶的干部发现了。他以弥海砂经纪人的身份努力松懈对方的警戒心…
拖延
搜查总部怀疑四叶集团与基拉有关联，而窃听他们开会的内容。月决定先与说话最具影响力、确定不是基拉身份的奈南川接触。
活跃
如L所计划的，四叶集团决定起用海砂当作企业形象女郎。面试当天，雷姆在海砂面前现身，告诉她基拉的身份以及月的计划。
诱导
L等人断定火口就是基拉。他们派火口认为已经死亡的松田在樱花电视台节目中露面，表明在节目最后要公开基拉的身份…
狂乱
为了杀掉松田，火口终于和雷姆做了“眼睛”的交易。火口像是在跟某人交谈的举动，让月觉得很可疑…
复活
遭到逮捕的火口说出了死亡笔记本的存在与实情。总一郎和L看到雷姆后大感惊愕，而月也终于摸到笔记本了…
沉默
L坚信月就是基拉却苦无证据。为了验证笔记本上13天期限的规定，L寻找愿意用死亡笔记本执行死刑的国家。这个时候雷姆…
再生
L死后月继任为第二代L，并杀了亚柏和温蒂以及跟案子有关的四叶干部。这个时候，在某教养机构里的两名少年也被告知了L的死讯…
绑架
L的继承人梅洛与尼亚。教养机构的负责人罗杰希望他们能合力逮捕基拉，梅洛不满意罗杰的主意，便负气离开了教养机构…
焦躁
尼亚以"N"为代号，与现任L的月用电话进行接触，也得知了月必须以死亡笔记本赎回被绑架的粧裕。
父亲
月成功的利用了死亡笔记本的规则找出持有人，并写下梅洛身旁该持有人的名字，以判断他们的据点。
正义
尼亚对月的怀疑日渐加深。但"基拉就是正义"的风气渐起，就连美国总统也宣布不再逮捕基拉。
转移
出目川所煽动的暴徒包围了SPK总部。确定别无他法之后，尼亚决定从大楼上撒下大笔美金，让成员趁乱之际逃离现场。
选择
魅上积极地利用死亡笔记本来铲除恶徒，并选择NHN的主播高田清美来担任基拉新的代言人。不过，高田她也正巧是…
嘲笑
尼亚为了打倒基拉而来到日本，并向月下了挑战书。另一方面，月将高田找来谈话，为了不被监听，便以笔谈方式要求高田协助。
警觉
尼亚等人在解读了魅上的唇语过後，确定他身边没有死神。另一方面，相泽查到了月和高田笔谈的证据，然而…
杀意
为了解决一切，尼亚要求与月见面。月为了除掉尼亚，对高田下达了最后的指令。然而高田却被梅洛绑架了…
1.28
1月28日，月和尼亚终于见面了。尼亚取下了面具，名字却被在门外偷窥的魅上写进了死亡笔记本…
新世界
魅上将所有人的名字写入死亡笔记本，所有的一切终于结束。新的世界即将来临...